В центре сюжета сериала "Чудны дела твои, Господи!" - Андрей Ильич Боголюбов, который принимает назначение на пост директора музея в уютном провинциальном городке. Это решение министра становится началом череды загадочных событий вокруг главного героя. С первых дней работы Боголюбова в музее происходит трагический инцидент: бывшая директриса умирает при необычных обстоятельствах прямо перед его глазами.
Смена власти в музее сопровождается серией неприятностей для Андрея Ильича: ему портят машину, оставляют угрожающие записки. Вокруг него начинают витать подозрения в намерении закрыть музей, а позже на него даже совершается покушение. Становится ясно, что в стенах музея скрывается нечто таинственное и опасное.
Боголюбову приходится взяться за расследование этих загадочных событий. Он пытается разгадать тайны прошлого учреждения, которое оказалось окутано мистикой и интригами. В это же время в его личную жизнь вмешивается бывшая жена, которая появляется неожиданно и добавляет дополнительные сложности в уже запутанную ситуацию.
Сериал сочетает в себе элементы детектива и мелодрамы, где главный герой пытается разобраться не только в загадках музея, но и в своих чувствах к бывшей супруге. "Чудны дела твои, Господи!" погружает зрителя в мир тайн и неожиданных поворотов, где каждый новый день приносит новые открытия и испытания для Андрея Ильича Боголюбова.
