В центре сюжета - Такуто Хасэгава, учащийся магической академии, который становится обладателем необычного магического существа. Во время проведения обряда "вызова магического сосуда" он случайно призывает девочку, которая оказывается невероятно мощной и игривой, напоминая котенка в своей бесхитростности. Это событие вызывает переполох среди преподавателей и наставников академии.
Такуто дает девочке имя Танарот, в честь своего домашнего питомца, и заключает с ней магический договор "господина и слуги", чтобы попытаться контролировать ее неукротимую силу. Этот шаг вызывает недовольство его давней подруги Судзухо, которая также является студенткой академии.
История разворачивается в мире, где магия является частью повседневной жизни, и главные герои сталкиваются с различными магическими приключениями и испытаниями. Их отношения, как друзей и соратников по академии, а также новые связи, которые они завязывают, формируют основную канву сериала.
Сюжет "Академия магии" наполнен юмором и фантазией, показывая жизнь студентов в магическом учебном заведении через призму их взаимоотношений, магических тренировок и повседневных ситуаций.