Сериал "Мерцание светлячков" рассказывает о необычной жизни Амэмии Хотару, которая ведет двойную жизнь: днем она идеальный сотрудник офиса, а после работы превращается в полную противоположность. Днём Хотару отличается профессионализмом и усердием, выполняя любые поручения без лишних вопросов и с четким пониманием задач. Она работает в успешной компании, где её труд ценится и уважаемо начальством.
Однако стоит только переступить порог офиса, как Хотару становится совсем другой личностью. Её дом превращается в хаос: повсюду разбросаны носки, нижнее белье, пустые банки из-под пива - все это создаёт образ полной неорганизованности и пренебрежения к быту. Не имея постоянного партнера, Хотару спит на крыльце своего дома под газетами, предпочитает пиво в банках и общается с кошками.
Этот контраст между её двумя жизнями становится источником многих комических ситуаций и неожиданных поворотов. Сериал исследует тему личности и самоидентификации через призму социальных ожиданий и внутренних желаний главной героини, показывая, как сложно иногда бывает совместить внешние требования с собственными стремлениями и привычками.