В центре сюжета сериала "Невский. Близкий враг" - события, развернувшиеся в Санкт-Петербурге после трагических событий в здании ГУ МВД. Назначенный из Москвы генерал Кондратьев получает задание восстановить порядок в городе на Неве. В результате интриг майор Семёнов и подполковник Михайлов переводятся во второй отдел Управления уголовного розыска, где их зона ответственности охватывает не только Невский проспект и центр города, но и всю Ленинградскую область.
Ключевым антагонистом сериала является Алексей Фомин, возглавивший преступный мир Петербурга. Он осознаёт, что завоевание власти - это лишь начало борьбы, ведь её необходимо удерживать. Вскоре Фомин сталкивается с новым сильным противником, и даже поддержка верного друга Паши Семёнова не может помочь ему в этой схватке.
Добавляет интриги в сюжет и Евгений Арсеньев, ставший депутатом Госдумы. Он использует своё новое положение для достижения личных целей, что ещё больше усложняет ситуацию в городе.
Сериал погружает зрителя в мир политических интриг, криминальных разборок и сложных моральных выборов, которые приходится делать героям на фоне борьбы за власть и влияние.
