В аниме "Дзипанг" рассказывается история Ёсукэ Кадомацу, мечтавшего с детства стать военным моряком, следуя примеру своего отца и восхищаясь достижениями японского флота. Во время обучения в военном училище он также посещал храм в честь адмирала Ямамото, который планировал атаку на Перл-Харбор.
Спустя годы Ёсукэ становится офицером на эсминце "Мирай", оснащенном передовой системой Aegis. Вместе с кораблями ВМС США он отправляется к Гавайям, но внезапный шторм у атолла Мидуэй меняет их судьбу. Молния поражает "Мирай", и после восстановления системы экипаж обнаруживает вокруг себя сорок неопознанных кораблей.
К их ужасу, они узнают в одном из них линкор "Ямато" - корабль адмирала Ямамото, который был уничтожен американцами во время Второй мировой войны. Осознав, что попали в прошлое, прямо в разгар Мидуэйской битвы, герои понимают, что могут изменить ход истории.
Теперь перед ними стоит не только задача выживания в эпицентре сражения, но и возможность повлиять на исход войны. Что они выберут: сохранить историю или попытаться переписать её?