В мире будущего глобальное потепление привело к тому, что большая часть суши оказалась под водой. Но это было только началом проблем человечества: вскоре в океане появился "Флот тумана" - мощный и загадочный флот, состоящий из высокотехнологичных кораблей, которые превосходили все, что было у людей. Враждебные действия флота привели к тому, что люди перестали осмеливаться плавать по морям.
Прошло семнадцать лет после этих событий, когда группа отважных молодых людей во главе с Гундзо Чихайей случайно обнаружила одну из подлодок "Флота тумана". Они не только смогли взять ее под контроль, но и получили поддержку Йоны - антропоморфного воплощения подводной лодки. Переименовав находку в I-401, команда решает бросить вызов всей мощи "Флота тумана", стремясь изменить ход истории и вернуть людям возможность свободно плавать по морям.
