В мире "Lego Звездные войны: Хроники Йоды - Скрытый клон" разгорается новая глава в бесконечной войне между Светом и Тьмой. Галактика погружена в хаос, а зловещий Дарк Сидиус готовит новый удар по Республике. В академии джедаев Йода обучает молодых падаванов искусству Сил, но мирный быт нарушается коварным планом Палпатина. Под маской дружбы он убеждает Йоду отправиться на Альдераан для встречи с Оби-Ваном Кеноби, где магистра поджидает ловушка.
Пока Йода отсутствует, академия остается без защиты, и генерал Гривус использует это, чтобы похитить священный кристалл - ключ к воскрешению бессмертной армии. Тьма кажется на грани победы, но юные джедаи не собираются сдаваться. Они отправляются в отчаянную погоню за Гривусом, чтобы предотвратить реализацию его мрачного плана и защитить галактику от надвигающейся угрозы.
