Сериал "Батюшка" рассказывает о сорокалетнем моряке Романе Малышеве, который после долгих лет службы на флоте возвращается в родное село. Его приезд совпадает с началом восстановления местного Храма, разрушенного во времена социализма. Роман активно участвует в этом процессе, и под его руководством православная община начинает оживать: к возрождению церкви присоединяются односельчане, ранее относившиеся к этому с недоверием.
Среди активных участников восстановления храма выделяется бывший боцман с татуировками, который становится одним из лидеров общины. Роману удается завоевать доверие и поддержку не только местных жителей, но и власти, милиции, а также авторитетных личностей села.
В процессе работы над восстановлением Храма в жизни Романа происходят значительные изменения: он влюбляется и начинает задумываться о создании семьи. Восстановление церкви успешно завершено, богослужения возобновляются, приход оживает, и личные проблемы Романа решаются.
Казалось бы, настало время возвращаться к обычной жизни, но Роман принимает решение остаться. Он женится на своей избраннице и, вопреки всем ожиданиям, принимает священнический сан, становясь батюшкой для своего села. Сериал затрагивает темы веры, семейных ценностей и важности духовного возрождения общины.