В аниме "Мобильный воин Гандам: Судьба поколения" действие разворачивается спустя два года после завершения войны между EAF, представляющими интересы натуралов, и PLANT, защищающих координаторов. Несмотря на установленный мир, недовольство продолжает кипеть среди представителей обеих сторон. Группа радикально настроенных координаторов решается на отчаянный шаг: они запускают разрушенную колонию Юниус 7 в направлении Земли, что могло бы привести к массовому уничтожению её жителей.
С большим трудом военные силы ZAFT удаётся предотвратить катастрофу, взорвав падающую колонию. Однако осколки всё равно наносят значительный урон поверхности планеты, что вызывает новую волну ненависти среди натуралов к координаторам. Поддержанные "Синим космосом", натуралы вновь вступают в конфликт с PLANT.
В центре событий оказываются новые персонажи, каждый из которых по-своему вовлечён в разгорающийся конфликт. Они борются за свои убеждения и пытаются найти свой путь в хаосе войны, где судьбы поколений переплетаются в сложной борьбе за мир и выживание.
Сериал "Мобильный воин Гандам: Судьба поколения" продолжает историю вселенной Gundam, представляя зрителям эпическую сагу о войне, политике, дружбе и предательстве.