В постапокалиптическом мире, где человечество оказалось на грани вымирания из-за войны с инопланетными энтеррийцами, последний надеждой становится девушка по имени Якума. Её отец, предвидя трагический исход, погружает её в летаргический сон перед тем, как Земля оказывается покинута последними выжившими, которые улетают на космическом корабле к убежищу под названием Синдзо. Отец Якумы надеется, что однажды она проснётся и найдёт путь к этому последнему пристанищу человечества, где сможет возродить свой народ и восстановить мир между двумя враждующими расами.
Спустя много лет после катастрофы, когда Земля становится мёртвой пустыней, Якума пробуждается. Она обнаруживает, что её способности значительно превосходят обычные человеческие: она обладает силой и интеллектом, достаточными для управления высокотехнологичным оружием, оставшимся от древних цивилизаций. В своём путешествии по разрушенному миру Якума встречает других выживших, в том числе мальчика по имени Хадзимэ, который становится её верным спутником и помощником.
Якума и Хадзимэ вместе исследуют руины Земли, пытаясь найти следы человечества и разгадать тайну убежища Синдзо. Их путь полон опасностей: они сталкиваются с дикими животными-мутантами, оставшимися роботами и другими выжившими, которые не всегда дружелюбны. В поисках ответов и союзников Якума использует свои уникальные способности для защиты и выживания.
По мере развития сюжета раскрываются новые детали о прошлом Земли, о том, как конфликт между людьми и энтеррийцами привёл к катастрофе, и о возможной роли Якумы в восстановлении утраченного мира. Сериал "Синдзо" представляет собой увлекательное путешествие по постапокалиптическому миру с элементами научной фантастики и приключений, где главная героиня стремится не только выжить, но и возродить человеческую цивилизацию.