В начале 90-х Мария покидает родные края ради любви к Алексею, который стремится к успеху в бизнесе. Их жизнь кажется идеальной, но скоро все меняется: конфликт с местными криминальными авторитетами приводит Алексея за решетку. Чтобы защитить Марию от позорного статуса "жена преступника", он решает исчезнуть из ее жизни, игнорируя попытки связи.
Мария отправляется в Москву, где встречает Михаила и между ними вспыхивает страсть. Они становятся родителями дочери, но счастье оказывается иллюзорным: Михаил скрывает от Марии свое замужнее состояние, а его жена также ждет ребенка. Трагедия усугубляется, когда новорожденная дочь Марии похищена при невыясненных обстоятельствах.
Сериал "Тайна Марии" погружает зрителя в историю о силе любви и предательстве, о поиске себя и борьбе за счастье в условиях жесткой реальности постсоветской России.