В центре сюжета сериала "Самурай-старшеклассник" - обычный ученик старших классов Котаро, который обнаруживает неожиданную связь между собой и историческим самураем. В поисках материала для школьного доклада он берет в библиотеке книгу о героическом воине, жившем 400 лет назад в эпоху Сэнгоку. Их объединяют имя, возраст, а также предположение отца Котаро о том, что его сын может быть потомком знаменитого рода.
События принимают неожиданный оборот, когда друг детства сообщает Котаро о беде, в которую попал их одноклассник. Не задумываясь, юноша спешит на помощь, и именно в этот момент в нем просыпается дух самурая - он обретает способность защищать тех, кто в ней нуждается.
Сериал следует за приключениями Котаро, который теперь должен совмещать обычную школьную жизнь с новым, неожиданным призванием. Каждый день для него становится испытанием, где он учится балансировать между обязанностями современного подростка и наследием древних воинов.
