Мегамен - это история о роботе, созданном ученым Томасом Лайтом для благих целей. Вместе со своим коллегой Альбертом Вайли они работали над проектом, который должен был облегчить жизнь людей с помощью помощников-роботов. Однако амбиции Вайли оказались куда более мрачными: он перепрограммировал роботов в мощные боевые машины, чтобы использовать их для захвата мира.
Томас Лайт осознает предательство своего партнера и решается на отчаянный шаг - он берется за перепрограммирование одного из своих роботов. В его руки превращается оружие против зловещих планов Вайли, получая новейшую боевую технологию. Так рождается Мегамен - герой, обладающий способностью использовать оружие поверженных врагов.
С этого момента начинается борьба за будущее мира, где каждый новый уровень силы и хитрости вражеских роботов требует от Мегамена все большего мастерства и изобретательности. Его миссия - остановить Вайли и его армию механизированных солдат, чтобы восстановить мир и порядок.