В центре сюжета - 15-летняя Идзумико Судзухара, которая провела всю свою жизнь в храме Тамакура среди гор Кумано. Её отец работал за океаном, а мать - в столице, и девочка росла под опекой бабушки с дедушкой. Идзумико всегда чувствовала себя особенной: техника вокруг неё вела себя странно, компьютеры выдавали непредсказуемые результаты, а другие устройства попросту ломались в её присутствии. Она догадывалась, что видит больше других и что святая земля храма защищает её от неких тёмных сил.
Всё меняется, когда родители принимают решение отправить Идзумико учиться не в уединении горного храма, а в сердце современной Японии - в академию "Замок Феникса" в Токио. Переезд в город становится для неё настоящим испытанием: девочка должна адаптироваться к новой среде и найти своё место среди сверстников, которые не подозревают о её тайне.
Идзумико предстоит столкнуться с множеством вызовов, начиная от повседневной жизни в мегаполисе и заканчивая раскрытием своих способностей. Она обнаруживает, что является хранителем древнего духа, который должен защищать её от опасностей, скрытых в мире, где технологии и мистика переплетаются самым неожиданным образом.
Сюжет сериала "Девочка из Красной книги" погружает зрителя в увлекательное путешествие по миру японской мифологии, где каждый персонаж играет свою роль в вечной борьбе между светом и тьмой.
