В центре сюжета - история старшеклассника Муто Кадзуки, чья жизнь резко меняется после встречи с загадочным монстром на заброшенном заводе. Спасая девушку от неминуемой гибели, он сам становится жертвой чудовища, которое вырывает ему сердце. Однако спасительница оказывается алхимиком и вживляет в его грудь "какугэн" - мощное оружие из алхимического сплава, заменяющее сердце.
С этого момента Кадзуки становится воином-алхимиком, обладающим способностью создавать "хомункулов" - защитников, использующих элементы для борьбы с врагами. Его цель - уничтожить всех гомункулов и найти способ вернуть себе человеческое сердце.
Вместе со своим новым другом и союзником Сакаи Макото, который также обладает "какугэном", Кадзуки вступает в борьбу против армии монстров. Их путь полон опасностей и открытий, ведь каждый новый гомункул представляет собой уникальную угрозу.
Сериал следует за приключениями героев, их развитием как воинов и личностях, а также раскрывает тайны алхимии и происхождения гомункулов. В каждой серии Кадзуки и его друзья сталкиваются с новыми вызовами, укрепляя свои навыки и союзнические узы.
