В центре сюжета сериала "Последний рейс «Альбатроса»" находится советская разведка, которая накануне Великой Отечественной войны внедрила своего агента под кодовым именем "Март". Его цель - помешать Германии запустить в производство опытный образец реактивного самолёта. Испытания самолета проходили недалеко от Берлина, и для сохранения секретности немцы создали специальное подразделение.
Руководитель этого подразделения прилагает все усилия, чтобы предотвратить утечку информации о проекте. Однако "Март" не единственный, кто интересуется ходом испытаний - группа немецких антифашистов под названием "Альта" также следит за событиями. В ходе оперативно-розыскных мероприятий советские спецслужбы обнаруживают радиостанцию группы и выходят на след подпольщиков.
Создается напряженная обстановка, где каждый шаг может привести к разоблачению или успеху в борьбе против фашистского режима. Агент "Март" рискует всем, чтобы выполнить свою миссию и предотвратить создание нового оружия врага.