Фи Брейн: Божественная головоломка - это история о Кайто Даймоне, подростке, чья жизнь крутится вокруг решений загадок и головоломок. Он не стремится к академическим успехам, а его школьные дни осложняет подруга детства Ноноха Ито, которая заставляет его посещать школу. Их учебное заведение, академия "Квадратный корень", полна любопытных умами, и один из них - Содзи Джикукава, президент школьного Совета головоломок, бросает Кайто вызов. Преодолев смертельный лабиринт вместе с Нонохой, Кайто получает "контракт Орфея" - устройство, дающее ему способность фи брэйн.
Став Решателем, Кайто и его друзья противостоят загадочной организации, создающей сложнейшие головоломки. Их цель - доказать свое превосходство в решении задач и раскрыть тайны мира, где каждое новое испытание приближает к разгадке "мистерии Бога". Кайто, под псевдонимом Эйнштейн, вместе с Нонохой сталкивается с трудностями, которые требуют не только умственных способностей, но и смелости. В этом мире нужно заслужить уважение и место среди Решателей, преодолевая одну головоломку за другой.
Зачем директор школы и таинственная организация занимаются созданием этих загадок - остается одной из главных загадок сериала. Кайто и его команда продолжают свой путь в поисках истины, не зная, какие испытания ждут их впереди и что скрывается за завесой тайны "мистерии Бога".
