В центре сюжета сериала "Фальшивый флаг" - неожиданное похищение министра обороны Турции в гостинице на Кипре. Мир потрясена новостью, что за операцией стоят российские спецслужбы: турецкие власти публикуют фотографии паспортов подозреваемых, россиян с двойным гражданством. Полковник ФСБ Турбин получает задание расследовать инцидент и отдаёт приказ о задержании пятерых подозреваемых.
Турбин стремится выяснить правду, ведь на кону не только судьбы людей, но и международные отношения между двумя странами. Удаётся поймать четверых, но последний остается на свободе. Сюжет сериала разворачивается вокруг концепции "операции под чужим флагом" - тактики, когда действия совершаются с целью сокрытия настоящего источника ответственности и возложения вины на другого.
Сериал исследует мотивы участников событий, их личные истории и сложные этические дилеммы, с которыми они сталкиваются в процессе расследования. Каждый эпизод углубляет понимание аудитории о том, как международная политика может быть манипулирована для достижения скрытых целей, а также показывает, насколько тонка грань между патриотизмом и предательством.
История разворачивается в условиях напряженной политической обстановки, где каждый шаг может иметь далеко идущие последствия. Полковник Турбин должен не только раскрыть заговор, но и предотвратить возможную войну между Россией и Турцией. Сюжет сериала наполнен интригами, поворотами и сложными моральными дилеммами, которые ставят под сомнение традиционные представления о лояльности и долге.