Хисонэ Амакасу, девушка с расстройством личности, которое заставляет её наносить боль окружающим, решает присоединиться к ВВС Японии в поисках пути избежать нежелательных последствий своего состояния для близких. Она надеется найти на базе ВВС Самообороны Японии место, где сможет ужиться со своими проблемами и сохранить дистанцию от других людей.
Однако её жизнь кардинально меняется после прибытия на базу. Хисонэ встречает дракона по имени Масо, который обладает необычной способностью превращаться в боевой истребитель. Этот мифическое существо выбирает именно её своей пилотом, и теперь девушка становится частью тайной программы, связанной с защитой страны.
С этого момента Хисонэ начинает свой путь к самопознанию и развитию своих способностей. Она учится управлять Масо, что требует от неё не только физической подготовки, но и эмоциональной зрелости. Взаимодействие с драконом помогает ей понять свои чувства и научиться контролировать своё расстройство.
В процессе обучения Хисонэ сталкивается с различными трудностями и конфликтами как внутри себя, так и в отношениях с коллегами по базе. Она должна не только освоить искусство пилотирования, но и найти способ сосуществования с другими людьми, не причиняя им вреда.
Становление Хисонэ в пилота и её связь с Масо раскрывают глубокие темы самоидентификации, ответственности и взаимопонимания. Сериал "Хисонэ и Масо" представляет собой уникальное сочетание фэнтезийных элементов и реалистичного психологического анализа, показывая сложный путь главного героя к самопринятию и гармонии с окружающим миром.