В центре сюжета сериала "Грачи" - капитана милиции Александра Ратникова, который в 1947 году расследует череду жестоких убийств в Ленинграде. Следствие приводит его к Павлу Ведерникову, технологу местного рыбхоза, который оказывается Гюнтером Зейлером - бывшим заместителем начальника нацистского концлагеря для детей "Грачи". Зейлер, искусно маскируясь под советского гражданина, стремится восстановить утраченную в годы войны коллекцию предметов искусства своей семьи. Ради этого он готов идти на преступления и убивать, чтобы достичь своей цели - уехать за границу.
Ратников не просто хочет поймать Зейлера; для него это личное дело, ведь именно в концлагере "Грачи" пропала его дочь во время войны. Капитан понимает, что нацист может быть ключом к разгадке судьбы его ребенка. В погоне за преступником Ратников сталкивается с моральными дилеммами и сложностями в расследовании, ведь каждый шаг может привести к новым открытиям о прошлом и настоящем, о том, как война изменила жизни людей и что остается после ее ужасов.
