В центре событий сериала "Германия 86" - судьба молодого военного Мартина Рауха, который после разочарования в идеалах и предательства со стороны руководства скрывается от всех разведок. Он находит убежище в Анголе, коммунистическом государстве, где учит местных детей немецкому языку и основам чтения. Параллельно его руководительница занята поисками покупателей для продвинутого вооружения, которое должно помочь выжить Германской Демократической Республике в период острого экономического кризиса. Она готова продать оружие даже самым сомнительным клиентам, ведущим кровавые войны на африканском континенте.
Сериал является продолжением "Германия-83" и переносит зрителей во времена холодной войны, демонстрируя напряженное противостояние между ГДР и ФРГ через призму личной истории главного героя. Исторические события 1980-х годов в Германии служат фоном для развития сюжета, который начинается с неожиданного задания молодого шпиона отправиться в Западную Германию в 1983 году.