После неожиданного попадания на Мадагаскар в первом фильме, львенок Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемот Глория решают вернуться домой. Они строят плот и отправляются в путешествие, но вместо Нью-Йорка их приключения заканчиваются на африканском побережье. Здесь Алекс встречает свою биологическую семью, которая не знает о жизни в зоопарке и дивится его поведению.
Алекс обнаруживает, что его представления об Африке сильно расходятся с реальностью: он ожидал встретить родственников, похожих на него самого, но они оказываются более естественными и свободолюбивыми. Это приводит к комическим ситуациям, ведь Алексу приходится учиться выживать в дикой природе.
Между тем, Марти, Мелман и Глория сталкиваются со своими собственными проблемами: зебра мечтает о свободе и приключениях, но теперь, когда они на родине Марти, он начинает сомневаться. Жираф Мелман пытается найти свою любовь среди других жирафов, а Глория сталкивается с конкуренцией в своем новом стаде бегемотов.
В центре событий оказывается также и старая самолетная обшивка, которая становится потенциальным источником топлива для местного вулкана. Герои понимают, что должны объединиться, чтобы спасти новое место их обитания от катастрофы. В ходе приключений они учатся ценить то, что у них есть, и находить компромисс между желанием быть свободными и важностью дружбы.
Фильм полон юмора и захватывающих моментов, которые показывают, как сложно бывает найти свое место в мире, даже если это родина твоих предков.
