В мультфильме "Супермен: Брэйниак атакует" злодей Лекс Лютор решает взять реванш над своим неуязвимым противником. Он вступает в опасное сотрудничество с инопланетным кибернетическим существом Брэйниаком, чья мощь и технологии способны поставить под угрозу весь мир. Лекс использует уникальное оружие, созданное из космического материала, чтобы перепрограммировать Брэйниака на уничтожение Супермена. Героический защитник Земли сталкивается с новым и необычайно могущественным противником, который способен анализировать и копировать суперспособности своего врага. В этом противостоянии Супермену предстоит использовать всю свою силу и интеллект, чтобы защитить Метрополис от грозного кибер-злодея и его разрушительных планов.
