В мультфильме "Бен 10: Секрет Омнитрикса" юный герой Бен сталкивается с неожиданной опасностью, когда во время схватки с Анимо он попадает под воздействие загадочной световой энергии. Этот инцидент активирует саморазрушительную функцию его часов Омнитрикс, которые начинают посылать сигнал в космос.
Отклик на этот сигнал не заставляет себя ждать: на Землю прибывает Тетракс, который объясняет Бену, что для предотвращения катастрофы необходимо найти создателя часов Азмута. Только он способен остановить процесс саморазрушения Омнитрикса и спасти не только Бена, но и всю Галактику от надвигающейся угрозы.
Бен отправляется в космическое путешествие вместе с Тетраксом, где ему предстоит столкнуться не только с врагами Вилгахом и его воинами, которые также улавливают сигнал Омнитрикса, но и поддерживать связь с Гвен, которая находится на борту корабля. Она уверена, что Бен не справится без её помощи.
Поиски приводят героев в тюрьму на одной из планет, где они надеются найти Азмута. Однако вместо него они встречают его помощника Myaxx, который направляет их к настоящему месту обитания Азмута. Путешествие Бена полно опасностей и открытий, но каждое новое испытание приближает его к разгадке секрета Омнитрикса и спасению не только своей жизни, но и судьбы всей вселенной.
