В центре сюжета фильма "Крабат - ученик колдуна" находится юный сирота Крабат, который вынужден искать убежище в опасном мире Лаузица. Время войны заставляет его постоянно бежать от преследований курфюрста Саксонского, пока однажды ворон не приводит его к мельнице у Черной реки. Здесь Крабат становится учеником загадочного колдуна и присоединяется к группе подмастерьев.
Однако вскоре парень осознает, что он стал частью чего-то гораздо более мрачного - заколдованная мельница превратилась в ловушку для него и его новых товарищей. Они оказываются вовлечены в смертельную борьбу с Мастером черной магии, который неумолимо требует жертв среди подмастерьев.
С каждым днем напряжение нарастает, и один за другим подмастерья падают в этой неравной схватке. Крабат понимает, что только он может прервать это кровавое пиршество колдуна и спасти своих друзей, а также девушку, которую он любит.
Фильм погружает зрителя в атмосферу средневековой Германии, где мифы и реальность переплетаются, создавая мрачную и захватывающую историю о борьбе добра со злом.