В центре сюжета - Питер Паркер, молодой парень, который после укуса радиоактивного паука обретает необычные способности: сверхчеловеческую силу, ловкость и возможность лазить по стенам. Эти изменения в его жизни начинаются внезапно, во время посещения научной школы, где проводился эксперимент с радиацией, повлиявший на обычное насекомое.
Питер решает использовать свои новые способности для борьбы со злом и становится супергероем - Человеком-пауком. Его цель - защищать невинных и противостоять преступникам, которые угрожают городу.
Среди его врагов - старые знакомые, такие как коварный доктор Октопус с его механическими щупальцами и безумный Зелёный Гоблин, чьё безудержное стремление к власти делает его опасным противником. Но на этом испытания для Питера не заканчиваются - появляются новые антагонисты, в том числе могущественный доктор Дум и хитрый Хамелеон.
Каждый новый враг приносит с собой уникальные вызовы, которые Человек-паук должен преодолеть, используя свой интеллект и физические способности. Питер Паркер осознаёт, что его двойная жизнь требует огромной ответственности, ведь он не только борец за справедливость, но и студент, друзья которого могут оказаться под угрозой из-за его тайны.
Сериал "Человек-паук 5000" погружает зрителя в мир приключений и моральных дилемм молодого героя, который стремится сделать мир лучше, несмотря на личные риски и сложности.