В IX веке, в глубине Ирландии, скрывалось аббатство Келлс под управлением строгого настоятеля. Его племянник Брендан, двенадцатилетний мальчик, вместе с монахами трудился над укреплением стен для защиты от викингов. Жизнь Брендана меняется с приходом Брата Эйдана - известного иллюстратора и хранителя необычной книги с уникальными рисунками.
Эйдан, прибывший из другого аббатства, где книга была начата, но так и осталась незавершенной, находит в Брендане единомышленника. Он обучает мальчика искусству иллюстрации, открывая перед ним мир фантазии и магии древних символов. Под руководством Эйдана Брендан начинает помогать в завершении книги, что становится для него не только увлекательным занятием, но и важной миссией.
Мальчик погружается в тайны старинных рукописей, его воображение обогащается легендами о волшебном саде и могущественных существах. Однако время, проведенное за рисованием, отнимает у Брендана возможности помогать с постройкой стен аббатства, что вызывает недовольство настоятеля.
Брендану предстоит найти баланс между своими обязанностями перед общиной и страстью к искусству. Он сталкивается с моральным выбором: продолжить работу над книгой, рискуя быть отвергнутым дядей, или же следовать его указаниям. В этом внутреннем конфликте юный монах ищет свой путь, который позволит ему сохранить наследие предков и при этом защитить свою общину.
Сюжет мультфильма "Тайна Келлс" - это история о поиске себя, о важности сохранения культурного наследия и о том, как искусство может стать мостом между поколениями.