В аниме "Бэтмен: Рыцарь Готэма" зрителям представлены шесть уникальных историй, происходящих в мрачном Городе Готэм между событиями фильмов "Бэтмен: Начало" и "Тёмный рыцарь". Хотя каждый эпизод имеет своё художественное оформление и стиль анимации, они тесно связаны общей темой борьбы Бэтмэна против преступности.
В одной из историй герой сталкивается с уличной бандой, которая пытается украсть его высокотехнологичное оборудование. В другой - Бэтмен противостоит загадочному врагу по имени Мститель, который использует необычные методы для борьбы с преступностью, вызывая у героя сомнения в своих методах.
Ещё одна история рассказывает о том, как комиссар Города Готэма Джеймс Гордон пытается убедить население в необходимости действий Бэтмэна, несмотря на страхи и недоверие. В одном из эпизодов внимание сосредоточено на молодом подростке, который восхищается Бэтменом и хочет стать похожим на него.
Также есть история о том, как Город Готэм оказывается в центре хаоса после мощного землетрясения, и Бэтмен должен использовать все свои навыки, чтобы спасти жителей города от обрушивающихся зданий. В последнем эпизоде герой сталкивается с новым противником - Прокаженным, который использует страхи своих жертв против них.
Каждый из этих рассказов раскрывает различные аспекты личности Бэтмэна и его роли в Городе Готэма, показывая его не только как супергероя, но и как человека с собственными сомнениями и внутренними битвами.