В центре сюжета - четыре необычные черепашки, которые благодаря мутации превратились в настоящих ниндзя. Их история начинается с иммигранта из Японии Хамато Йоши, который приобрел четверых питомцев. После воздействия мутагена Йоши стал получеловеком-полукрысой и получил имя Сплинтер, а черепашки выросли до огромных размеров и обрели человеческие черты.
Сплинтер, обученный ниндзюцу, воспитал их под землей в трубах коллектора как сыновей. Он передает им свои знания о дисциплине, философии и боевых искусствах, что делает их готовыми к борьбе с преступностью.
Прошло пятнадцать лет, и Черепашки-ниндзя - Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело - выходят на улицы Нью-Йорка. Город полон опасностей, но герои готовы им противостоять. В их арсенале не только мастерство ниндзя, но и любовь к пицце, которая становится частью их образа жизни.
Враги Черепашек разнообразны: от Бакстера Стокмана до Крейга и главного антагониста Шреддера. Помогают им в борьбе с преступностью друг Эйприл О’Нил и Кейси Джонс, а также сам Сплинтер.
Сериал "Черепашки-ниндзя" 2012 года продолжает традиции знаменитой франшизы, показывая новые приключения любимых героев в их родном городе.