В центре сюжета - четыре братья-мутанты в панцирях: Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль. Эти необычные черепашки-ниндзя обрели свои уникальные способности благодаря мутации под воздействием зеленого омута. Под руководством своего наставника, мудрого сенсея Сплинтера, они посвящают свою жизнь борьбе со злом.
Их главный противник - Шреддер, загадочный лидер клана Фут, который стремится захватить Нью-Йорк и установить в нем свои темные порядки. Черепашки постоянно мешают его планам, используя свое мастерство ниндзя и современное оружие.
Сериал полон захватывающих приключений: герои отправляются в космос, путешествуют во времени, оказываясь в феодальной Японии, и даже борются с врагами в киберпространстве. Каждый новый эпизод представляет новые вызовы и испытания для братьев-мутантов.
Вместе со своими друзьями - репортершей Эйприл О'Нил и ее отважным мудрозубом Рептилитом, черепашки продолжают свою нелегкую борьбу за справедливость. Их союзники и враги меняются с каждым сезоном, но неизменной остается их цель - защитить мир от зла во всех его проявлениях.
