В океанских глубинах таится нечто необъяснимое: корабли исчезают один за другим, оставляя после себя лишь пустоту и молчание. Выжившие рассказывают о странном Корабле-призраке, который появляется перед каждым несчастьем. Токио охвачен ужасом - гигантский робот Голем, называющий себя посланником призрачного судна, сеет разрушение и панику среди горожан. Люди пропадают без следа, и все уверены, что виноват в этом Корабль-призрак.
Но есть тот, кто не верит в мистические силы - это Хаято, молодой и отважный исследователь. Он решает разгадать тайну таинственного корабля и его капитана. Путешествие обещает быть опасным, но жажда истины сильнее страха перед неизвестностью. Хаято готов столкнуться лицом к лицу с загадкой Корабля-призрака, чтобы раскрыть правду и спасти город от неминуемой катастрофы.
История о Корабле-призраке уходит корнями в древние легенды и реальные случаи, когда суда оказывались брошенными в океане без следа экипажа. Причины таких событий могут быть самыми разными - от эпидемий до природных аномалий. Но Хаято не остановить перед лицом необъяснимого. Его цель - выяснить, что скрывается за мистической репутацией Корабля-призрака и предотвратить новые бедствия.