В фильме "Тайна Ладоги. Малютки" рассказывается о легендарной военно-морской операции во время Великой Отечественной войны - Тулоксинском десанте. События разворачиваются в ночь на 23 июня 1944 года, когда к побережью Ладожского озера подходят 78 кораблей ладожской военной флотилии с десантными войсками. Военные затаиваются в тумане, ожидая команды для начала боя, находясь всего в нескольких километрах от финских позиций.
Эта операция стала одним из самых успешных маневров советских войск против фашистской Финляндии. Неожиданное появление десанта привело к тому, что финские войска были вынуждены отступить, а спустя два месяца капитулировать. Особенностью операции было наличие подводных лодок, которые оставались незамеченными для противника и выполняли роль "глаз и ушей" советского командования.
Фильм раскрывает не только военные аспекты той эпохи, но и показывает, как сложились судьбы участников тех событий. Хотя в синопсисе нет упоминаний о конкретных персонажах или их мотивациях, можно предположить, что история сосредоточена на героизме солдат и значимости их подвига для исхода войны на Ладожском озере.