В центре событий фильма "Город бабочек" находится литовский город Висагинас, построенный в эпоху Советского Союза вокруг атомной электростанции. С приходом независимости Литвы и присоединением страны к Евросоюзу станция была закрыта, что привело к массовой безработице среди местного населения. Особенно тяжело пришлось русскоязычному населению города, которое оказалось на грани социальной изоляции.
Главные герои картины сталкиваются с трудностями интеграции в новую Литву. Они ощущают себя чужаками в своей же стране: нет работы, их родной язык и культура подвергаются давлению, что угнетающе влияет на возможность самовыражения и поддержания основных демократических ценностей.
Фильм поднимает актуальные вопросы идентичности и поиска места в мире, где меняющиеся геополитические отношения заставляют российское меньшинство переосмыслить свою роль и найти новые способы самоидентификации. Герои "Города бабочек" стоят перед необходимостью адаптации к новым реалиям, сохраняя при этом свои корни и культурное наследие.